Der in Eislingen/Fils geborene Gruber begann seine Laufbahn beim BR 1981 als Assistent des Fernsehdirektors Helmut Oeller. Drei Jahre später wechselte er in den Programmbereich Familie und Serie im Fernsehen des BR. Als Leiter der Redaktion Familie verantwortete er u. a. die legendäre Jugendsendung „Live aus dem Alabama“. 1986 berief ihn Intendant Reinhold Vöth als Leiter der Hauptabteilung Intendanz. 1990 wurde Gruber Leiter des Studios Franken in Nürnberg, von 1995 bis Ende 2001 war er Hörfunkdirektor des BR. In dieser Zeit steuerte er u. a. die Reform von Bayern 1 und den weiteren Ausbau des BR-Korrespondentennetzes in ganz Bayern.
Das Amt des Intendanten übernahm er am 1. Januar 2002, in den Jahren 2005 und 2006 war er zudem ARD-Vorsitzender. In dieser Position kämpfte er erfolgreich gegen Schleichwerbung, ebnete dem erfolgreichen 16:9 Format den Weg und trug dazu bei, dass die Programme des öffentlich-rechtlichen Fernsehens bis heute unverschlüsselt übertragen werden. Gruber startete zudem zahlreiche strategische Prozesse und Reformen im BR.
„Thomas Gruber hat sich selbst nie so wichtig genommen wie seinen Sender. Der Bayerische Rundfunk stand für ihn immer an erster Stelle. Ich freue mich sehr darauf, an seine Arbeit und seine erfolgreiche Bilanz anknüpfen zu dürfen „, erklärte sein Nachfolger Ulrich Wilhelm. (01/11)